为适应药物学科发展和我国药物研究开发战略由仿制向创新转轨的形势，培养具创新性医药科学技术专门人才，1996至1998年，由我们主持了教育部面向21世纪医药教育教学内容和课程体系改革计划项目“药物化学高层次人才培养的教学核心——药物设计”，在全国率先开设了“药物设计学”课程，并于1999年编写了作为“面向21世纪课程教材”的国内第一本《药物设计学》教材。这一改革成果于2001年12月获国家级教学成果二等奖。本课程分别于2001年和2002年列为药学专业和生物技术专业必修课程，学时数均为18学时。现药学专业学时数为45学时，包括实验18学时。
在我校开设该课程后，国内各新2会员管理端校系纷纷开设了“药物设计”或“计算机辅助药物设计”课程，而我们主编的《药物设计学》第一版和第二版在国内的影响力较大，也是国家十一五规划教材。目前正在主编第三版教材，即将出版。此外还编写出版了教学参考书《计算机辅助药物设计导论》，其第二版正在编写即将出版。
课程开设的十多年来，我们按照学生的培养方案和课程教学目标，不断在课程教学内容、教学方法、教学手段、学生学习效果评价方法、教材建设等方面进行探索和改革。使课程教学朝着传授新知识和培养学生综合能力的方向发展。本课程于2009年被列为复旦大学精品课程，并被列为上海市重点课程，2012年被列为上海市精品课程。本课程教学团队还获得了多项学院级、校级和上海市级的多项荣誉。
